Po pěti letech života se druhá generace dočkala změn menších, než by se dalo čekat. Třídveřová verze i pětidveřový Sportback dostaly detaily vypůjčené od větších, ale mladších A4 a A5.
Jednu velkou novinku ale Audi A3 v modelovém roce 2009 přináší: Ke třídveřové S3 přibude také pětidveřová varianta: 272 koní dvoulitrového TFSIčka tedy bude pohánět i Sportback. Šestistupňová převodovka přenáší 350 newtonmetrů kroutícího momentu na všechna čtyři osmnáctipalcová kola. Z nuly na stovce je S3 za 5,7 sekund, sportbacku to trvá o desetinu sekundy déle. Maximálka je elektronicky omezena na 250 km/h.
Když se nová A3 postaví vedle "staré", najdeme na ní nová přední světla, za příplatek pořídíme bixenony a denní světla složená z LED diod. Trochu se také zaoblila agresivní mřížka zabírající celý čumák, které u Audi říkají Single frame, jinak tvarované jsou také přední blatníky a kapota. Třídveřová verze díky jinak tvarovanému nárazníku narostla o dva a půl centimetru. Boční pohled odhalí nová zrcátka s integrovanými směrovkami a nové kliky dveří. Na zádi objevíte hlavně novou grafiku koncových světel a pozměněný nárazník, lehce upravené je také víko kufru u třídveřové verze.
Za příplatek jsou nově magnetické tlumiče Magnetic Ride, které umožňují měnit tvrdost podvozku.
Uvnitř se měnilo pár ovladačů na středovém panelu a do ceníku přibudou nové barvy čalounění a jinak tvarované volanty. Novinkou, o které třeba u Hondy prohlašují, že ušetří asi 5 % paliva, je kontrolka ohlašující ten pravý okamžik pro přeřazení.
Pod kapotou zůstává vše při starém: 1.4 TFSI (125 koní), 1.6 (102 k), 1.8 TFSI (160 koní), 2.0 TFSI (200 koní) a šestiválec 3.2 litru s výkonem 250 koní píjí benzin.
Do malého audi se také nastěhovaly nové commonrailové turbodiesely. Nabídku TDIček tedy tvoří dvoulitry o výkonu 140 a 170 koní. Nejslabším turodieselem zůstává jedna-devítka systému čerpadlo-tryska s výkonem 105 koní.
